離子交換色譜是蛋白純化技術(shù)中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質(zhì)所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結(jié)合，這種帶電分子與固定相之間的結(jié)合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強度的緩沖液洗脫時，離子交換劑上結(jié)合的物質(zhì)可與洗脫液中的離子發(fā)生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質(zhì)的電荷不同，其與離子交換劑的結(jié)合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。
絕大多數(shù)重組蛋白純化都要用到
離子交換。離子交換色譜的基礎(chǔ)是高分辨率，可以直接放大規(guī)模應(yīng)用在工業(yè)上，柱再生容易，還可以使蛋白濃縮。大多數(shù)蛋白質(zhì)的靜電荷是負(fù)值，因此陰離子交換色譜的應(yīng)用。
離子交換色譜的實際操作：
1.將超純水與沉降膠按1:3比例懸浮，輕輕攪勻；
2.將色譜柱固定到設(shè)備支架上，鏈接出口管道，從柱底端進(jìn)口反向泵入超純水，排除管道及篩板中的氣泡，停泵，然后從出口端放出部分超純水，保留1~2cm高度超純水，封死出口端，然后正向沖洗進(jìn)口端管道和適配器，排除篩板和管道中氣泡；
3.通過玻璃棒引流將懸浮膠導(dǎo)入色譜柱，在柱上端補充部分超純水，攪勻，裝上適配器；
4.將柱出口端與色譜設(shè)備連接，以0.2MPa恒壓裝柱，裝填至恒定的柱床高度，標(biāo)記柱床膠面位置，關(guān)閉泵，松開適配器，降低適配器至膠面下2mm處，繼續(xù)裝填，待柱床高度穩(wěn)定后，標(biāo)記柱床膠面位置，降低適配器至柱上標(biāo)記柱床位置下2mm。固定適配器，繼續(xù)裝填2~3柱體積；
5.確定柱體積，測量柱高，計算柱體積及記錄裝柱時的zui大流速；
6.選擇*線速，用0.5mol/L NaOH沖洗柱，沖洗3~5體積；
7.接著用超純水沖柱，沖洗10柱體積，至pH顯示接近超純水pH。
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